对于大多数人来说，一提到病毒和细菌，就等于是病原微生物。实际上，微生物是地球环境中最古老、最原始和最基本的生命群体，没有微生物就不会有后来进化出来的植物和动物。动物、植物和微生物三大界别的互相依存，形成了地球自然界生命能量和生命物质的循环。没有无处不在、互相依存又互相制约的微生物环境的支持和循环，动物和植物就不能生存。

与猪密切接触和关联的微生物群组成了猪的微生态环境，这主要包括三个方面。一是体内体表微生物群，这部分微生物群在很大程度上决定着猪的健康；二是与猪密切接触的环境中的微生物群；三是参与猪的生物链循环的微生物群，意义较大的是参与粪尿降解的微生物。

猪的体表如皮肤、黏膜，体内与外界相通的呼吸道、消化道、泌尿生殖道等，都存在很多微生物。在这些微生物中，有的是长期生活在猪体内及体表的共生或寄生的微生物，称原籍菌或常住菌；有的是从土壤、水、空气和猪所接触的环境中污染的，称外来菌或过路菌。原籍菌是与猪在共同的长期进化过程中形成的，各自在猪体内的特定部位定居繁殖，定植区域内的菌类及其数量基本保持稳定。在正常情况下，它们对猪的健康有益或无害，甚至是猪所必需的，对猪具有营养、免疫及生物拮抗作用。如消化道内的微生物，参与了营养的消化、合成和吸收。猪腔道(如消化道、呼吸道等)中的微生物群与接触的猪体细胞发生能量流动、物质交换和遗传信息传递等作用，形成猪体内的微生态系统。外来菌—锻不能定植在皮肤和黏膜表面，如果定植了就可能打破原有的微生态平衡，往往会对猪产生不利影响。