家禽肠道微生物是指寄居在家禽消化道内微小生物的统称，主要包括细菌、古菌、真菌、病毒等。其中一部分为长期寄居的微生物，在机体防御机能正常时是无害的，称为正常菌群或正常微生物群，而另一类则是致病菌或者条件致病菌，当机体防御功能异常时，会诱发家禽的疾病，如：大肠杆菌、沙门菌、弯曲杆菌等。

家禽肠道内密集分布着与宿主紧密相关的微生物群落。一方面肠道微生物能够分解宿主难以消化吸收的物质，为宿主提供营养，而且能够调节宿主的消化系统和免疫系统的发育。另一方面，宿主也为肠道微生物的定植和生长提供了栖息的地方和能量来源。肠道微生物容易受到来源于饮食干预等因素的影响，宿主一肠道微生物和肠道微生物一肠道微生物之间均存在着一种相互作用。

1.微生物一宿主代谢

大部分的营养物质都在小肠部位被宿主消化吸收，但是直肠部位仍然存在约10％～30％的能量物质是宿主难以消化的，肠道菌群含有丰富的分解碳水化合物和蛋白质水解酶。短链脂肪酸(SCFAs)是由后肠的微生物发酵产生，并由黏膜吸收，最终由宿主分解代谢能量。SCFAs对宿主有着一系列重要的生理功能，如：调节肠道菌群、维持体液和电解质的平衡等。SCFAs的代谢产物也有很重要的作用，尤其丁酸，对结肠上皮细胞有很大的意义，如：能量来源；细胞膜脂类合成的基质；促进消化道细胞生长等。研究表明，丁酸盐有助于保持肠绒毛结构的作用。

2.免疫调节

肠道微生物对宿主免疫机能的影响主要有两个方面：一方面，肠道微生物可作为抗原引发局部和系统的特异性免疫反应；另一方面，肠道微生物对免疫反应具重要调节作用。微生物代谢物通过微生物一微生物和宿主一微生物相互作用产生，其作为宿主能量代谢物的同时也影响宿主对许多代谢免疫介导的疾病和病症的易感性。

正常微生物不仅能刺激机体免疫器官的发育和成熟，而且对增强机体特异性细胞和体液免疫是不可缺少的。相反，如果宿主相关的免疫基因缺失，不但会增加疾病的风险，也会作用于胃肠道菌群，导致肠道菌群多样性降低，肠道菌群组成发生紊乱。

3.影响宿主生长性能

家禽生长性能研究的核心目标主要集中在增加体重和提高饲料转换效率等。家禽生长性能除了受遗传因素的影响，还直接或间接地受饲料、日龄和环境因素的影响，因此肠道菌群与家禽生产性能之间存在着潜在的相关性。大量实验证明，在肉鸡日粮中添加微生态制剂，可使肉鸡的回肠绒毛高度增加，维护肠道菌群平衡，维护肠道健康，从而提高了肉鸡胃肠道对营养物质的消化吸收，增强了肉鸡对能量物质的利用，提高采食量，体重增加，饲料转化率显著提高，还可以增强免疫力，预防疾病的发生，减少药物的投放，能替代抗生素的使用量，改善养殖环境，减少环境污染。