畜禽舍内空气中常见的微生物为非病原微生物，比如来自青贮饲料干渣碎屑飞粒的乳酸菌与酵母菌，以及一些能分解纤维素的担子菌孢子、霉菌孢子等。他们在扩散过程中逐渐被稀释，致病力逐渐减弱，也可随风飘到很远的地方，有时由雨水或降雪带到地面。

2、病原微生物

  尽管健康畜禽所在的舍内空气中病原微生物一般很少，而一旦舍内有家畜生病或带菌，就会导致空气中含有较多的病原微生物。另外，在兽医院周围空气中，也含有大量的病原微生物。

畜禽舍内病原微生物主要来自于病畜禽的鸣叫、打喷嚏、咳嗽，这些行为会喷出含有病原微生物的飞沫，并且通过飞沫扩散到空气中。另外，带有病原微生物的分泌物和排泄物干燥后随尘埃进入空气中，病原微生物在空气中繁衍，这也能引起畜舍内病原微生物数量的增加。易感动物接触到带有病原微生物的飞沫和尘埃后，可引发相应的疫病，如吸入后容易引起结核、肺炎、流行性感冒等呼吸道传染病；有时会使新鲜创面发生化脓性感染，甚至引起全是感染等等。

畜禽舍内空气中病原微生物主要有病原细菌和病毒两大类。

（1）病原细菌。包括葡萄球菌、链球菌、波士杆菌、结核分歧杆菌、巴氏杆菌、霉形体病菌、沙门氏杆菌与炭疽杆菌等。

葡萄球菌：致病性葡萄球菌可引起各种化脓性疾病和葡萄球菌病。

链球菌：常引起各种化脓性疾病，特别是牛乳房炎、猪链球菌病、羊链球菌病和鸡链球菌病。

波士杆菌：能引起猪萎缩性鼻炎和兔、猫、狗、马等动物的慢性呼吸道疾病。

结核分歧杆菌：导致肺结核等结核病。

巴氏杆菌：能引起畜禽败血性传染病，如禽霍乱、猪肺疫。

霉形体病菌：能引起牛传染性胸膜肺炎、猪气喘病；鸡、火鸡等败血霉形体病。

沙门氏杆菌：能导致鸡白痢。

炭疽杆菌：能引起急性、热性、败血性传染病-炭疽病。

（2）病毒。包括口蹄疫病毒、猪瘟病毒、猪流感病毒、鸡新城疫病毒、疱疹病毒、传染性支气管炎病毒、传染性法氏囊病毒与禽流感病毒等。

口蹄疫病毒：能引起偶蹄动物口腔粘膜、蹄部和乳房皮肤发生水疱。

猪瘟病毒：能引起猪瘟。

猪流感病毒：能引起猪流行性感冒。

鸡新城疫病毒：能引起鸡新城疫，是一种急性、败血性和具有高度毁灭性的传染病。

疱疹病毒：能引起鸡马立克氏病，对养鸡业危害极大。

传染性支气管炎病毒：主要引起鸡传染性支气管炎，属于急性、高度接触性呼吸道传染病。

传染性法氏囊病毒：以侵害鸡腔上囊（法氏囊）为主，导致鸡淋巴细胞大量坏死，鸡免疫力下降，生产力降低。

禽流感病毒：引起鸡、鸭、鹅等家禽和野生鸟类爆发禽流感，也可通过家禽传染给人。

3、环境因素对病原微生物的影响

  病原微生物在空气中的生存受温度、湿度、太阳紫外线等因素的影响。例如猪流行性感冒和猪传染性胃肠炎多发生在冬季，口蹄疫在湿度较高时更容易流行。

相对湿度对病毒的影响比温度大些，如具有脂质膜的流感病毒、猪瘟病毒、传染性胃肠炎病毒在低湿度下比较稳定；而没有脂质膜的口蹄疫病毒、肠炎病毒则在高湿下更稳定。温度和湿度在相对湿度45%-64%）时，却不稳定。细菌芽孢对外界因素的耐受性很强，几乎不受畜舍内外一股气象因素的影响。