1)菌种的选择动物消化道中的微生物具有多样性和特异性，不同动物种类对菌种的要求也不同，同一菌株用于不同的动物，往往产生的效果差异较大。使用时一定要了解菌种的性能和作用，选用合适的菌种，适于单胃动物的益生素所用菌株一般为乳酸菌、芽孢杆菌、酵母等。
(2)应用时间与对象动物的年龄、性别、种类也影响微生态制剂的使用效果，应用时间要早，新生畜禽使用更佳，长时间连续饲喂效果也好。将其作为一种生态调节剂用于病后的康复期，纠正菌群失调、治疗消化不良等更为实际。
(3)剂量与浓度有效的活菌数是影响使用效果的关键因素之一，产品中必须含有相当数量的活菌数才能达到较好效果，但添加过量有时会适得其反，造成饲料成本上升，不同畜禽使用时应严格按照使用说明添加。
(4)注意保存条件和保存时间微生态产品随着保存时问的延长，活菌数量不断减少，其失活速度因菌种和保存条件而异，在打开包装后应及时用完。
(5)与抗生素和抗球虫药物的配伍由于益生菌制剂是活菌，抗生素和化学合成的抗菌剂对其有杀灭作用，一般应禁止与其敏感的抗生素药物同时使用。